Zdrowie układu pokarmowego zależy od odpowiedniej diety. Zaburzenia pracy układu pokarmowego mogą być spowodowane przez wiele czynników takich jak przebyte choroby, jakość spożywanego jedzenia, przyjmowane leki, alergie pokarmowe, wrażliwość pokarmową i inne. Wiele leków ma niekorzystny wpływ na pracę wątroby, tak samo z resztą jak alkohol. Należy więc pamiętać o probiotykach, które zawierają się w produktach nabiałowych i innych. Właściwa dieta i dużo ruchu sprzyja pracy układu pokarmowego.
Choroby układu pokarmowego związane są ze stanami zapalnymi poszczególnych narządów układu pokarmowego. Zaburzenia trawienia przejawiają się w postaci zaparcia lub biegunki. W cięższych przypadkach możemy mieć do czynienia z zatruciem pokarmowym, które może być nawet niebezpieczne dla życia osoby chorej. W przypadku poważnych zatruć trzeba się udać do szpitala. Odwodnienie organizmu na skutek biegunki wymaga od osoby chorej podjęcia środków zapobiegawczych. Należy wtedy pić dużo wody i brać leki powstrzymujące biegunkę oraz dostarczające organizmowi elektrolity, witaminy i mikroelementy wypłukiwane z organizmu podczas choroby.